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• 河口海岸全國重點實驗室
• 精密光譜科學與技術國家重點實驗室
• 石油化工分子轉化與反應工程全國重點實驗室

• 國家可信嵌入式軟件工程技術研究中心

• 浙江天童森林生態系統國家野外科學觀測研究站

• 可信軟件國際聯合研究中心

• 腦功能基因組學教育部重點實驗室
• 地理信息科學教育部重點實驗室
• 極化材料與器件教育部重點實驗室
• 青少年健康評價與運動干預教育部重點實驗室
• 統計與數據科學前沿理論及應用教育部重點實驗室
• 數學與工程應用教育部重點實驗室（籌）

• 納光電集成與先進裝備教育部工程研究中心
• 軟硬件協同設計技術與應用教育部工程研究中心
• 區塊鏈數據管理教育部工程研究中心（籌）

• 全球創新與發展研究院

• 可信軟件國際合作聯合實驗室
• 綠色大河三角洲國際合作聯合實驗室（籌）

• 長江三角洲河口濕地生態系統教育部野外科學觀測研究站

• 華東師范大學中國行政區劃研究中心

• 課程與教學研究所
• 中國現代思想文化研究所
• 俄羅斯研究中心
• 中國文字研究與應用中心
• 基礎教育改革與發展研究所
• 中國現代城市研究中心

• 智能教育實驗室

• 職業教育教材建設和管理政策研究基地
• 中小學地理教材研究基地

• 民族與發展研究院

• 澳大利亞研究中心
• 美國研究中心
• 白俄羅斯研究中心
• 周邊國家研究院
• 中東歐研究中心
• 中亞研究中心

• 國家智能社會治理實驗基地教育特色基地
• 國家智能社會治理實驗基地養老特色基地

• 全國普通高校中華優秀傳統文化傳承基地（篆刻）

• 華東師范大學老齡科研基地（人口老齡化與老年問題研究）
• 國家語委研究型基地全球中文發展研究中心
• 國家教師發展協同創新實驗基地暨國家級教師培訓管理者發展研究中心
• 團中央中國特色社會主義理論體系研究華東師范大學研究基地
• 國家新聞出版署出版智庫上海出版研究院
• 國家新聞出版署出版融合發展（華東師大社）重點實驗室
• 自然資源部超大城市自然資源時空大數據分析應用重點實驗室
• 自然資源部大都市區國土空間生態修復工程技術創新中心
• 自然資源部浙江舟山島嶼生態系統野外科學觀測研究站（籌）

• 上海市腦功能基因組學重點實驗室
• 上海市綠色化學與化工過程綠色化重點實驗室
• 上海市磁共振重點實驗室
• 上海市高可信計算重點實驗室
• 上海市調控生物學重點實驗室
• 上海市核心數學與實踐重點實驗室
• 上海市多維度信息處理重點實驗室
• 上海市心理健康與危機干預重點實驗室

• 上海分子治療與新藥創制工程技術研究中心
• 上海數字化教育裝備工程技術研究中心
• 上海有機固廢生物轉化工程技術研究中心

• 長江三角洲河口濕地生態系統上海市野外科學觀測研究站

• 上海市基因編輯與細胞治療前沿科學研究基地
• 上海市分子智造前沿科學研究基地

• 上海市可信工業互聯網軟件協同創新中心

• 上海市大數據管理系統工程研究中心

• 上海市人民政府決策咨詢研究基地曾剛工作室（方向：長三角區域一體化）
• 上海市人民政府決策咨詢研究基地余南平工作室（方向：國際戰略與上海發展）
• 上海市人民政府決策咨詢研究基地吳瑞君工作室（方向：上海人口結構和發展趨勢方向）
• 上海市人民政府決策咨詢研究基地馮學鋼工作室（方向：都市旅游與服務管理）
• 上海市人民政府決策咨詢研究基地汪榮明、殷德生工作室（方向：大數據統計與金融風險管理）
• 上海市人民政府決策咨詢研究基地杜德斌工作室（方向：城市與區域創新）
• 上海市"黨的執政能力建設"社會科學創新研究基地
• 上海市"教育強國的教育公平研究"社會科學創新研究基地
• 上海市習近平新時代中國特色社會主義思想研究中心（華東師范大學研究基地）
• 國家教育宏觀政策研究院（上海市重點智庫）
• 上海市“中國教育學學術話語體系與創新研究”社會科學創新研究基地
• 上海市“中國歷史學話語體系建設與國際傳播”社會科學創新研究基地
• 上海市“中國特色的轉型社會學研究”社會科學創新研究基地
• 上海市“中國發展道路的政治經濟學”社會科學創新研究基地
• 上海市“中國詮釋學”社會科學創新研究基地

• 周邊合作與發展協同創新中心
• 上海城市發展協同創新中心
• 全球創新與發展研究院
• 電競產業發展研究中心

• 上海市語文教育教學研究基地
• 上海市體育教育教學研究基地
• 上海市地理教育教學研究基地
• 上海市課程教育教學研究基地
• 上海市心理教育教學研究基地
• 上海市生命科學教育教學研究基地
• 上海市數學教育教學研究基地
• 上海市信息科技教育教學研究基地
• 上海市通用技術教育教學研究基地
• 上海市基礎教育教材建設重點研究基地

• 上海市美國創新與發展研究中心